미국 의회는 최근 2008년도 국립보건원(NIH)의 예산 295억 달러(약 27조 9천억원)를 최종 승인했다. 이는 지난해보다 2억 7,500만 달러 늘어난 것이며 부시 대통령이 지난 11월 거부권을 행사한 예산 상정 액보다 7억 7,600만 달러 적은 것이다.
보건원의 연구 개발 예산은 전체 예산의 약 97%를 차지하며 전년대비 약 0.9% 늘어난 287억 달러가 된다.

보건원의 예산은 실제로 26개의 별도 분야로 나눠져 배분되고 크게 보건원의 직속 연구소와 센터들로 세분된다. 독립된 예산을 받는 연구소가 20개이며 4개의 센터, 감독 사무국과 건물 설비 분야가 있다. 별도의 예산을 받지 않는 연구소가 3개소 있다.